يعد قسم الباطنية واحداً من أهم وأكبر المراكز المتخصصة في تشخيص وعلاج الامراض الباطنية في مختلف فروعها ويضم وحدات متخصصة تقوم بتشخيص الأمراض المختلفة التي تتطلب رعاية عاجلة وأيضاً الحالات التي تحتاج الى رعاية فائقة وكذلك تشخيص الأمراض المزمنة ، وذلك تحت إشراف نخبة من الإستشاريين والإستشاريات من حملة الزمالات الغربية والعربية .يقوم القسم بعلاج كثير من الحالات المرضية ومن أبرزها أمراض السكري ومضاعفاته ، وارتفاع ضغط الدم والدهون ، واضطرابات الغدد الدرقية والنخامية والكظرية وغيرها من أمراض الغدد الصماء كما يوفر القسم العديد من الوحدات المتخصصة في قياس وظائف التنفس ووحدة الروماتيزم .